พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเมื่อครั้งทรงเป็นเจ้าฟ้าชายมงกุฎ ได้ทรงเน้นถึงว่า พระปฐมเจดีย์เป็นศาสนสถานที่น่าเคารพนับถือที่สุด สำคัญที่สุดในประเทศไทย และเป็นศาสนสถานที่เก่าแก่ที่สุด ในราว พ.ศ. 2405 พระองค์ทรงโปรดฯ ให้ก่อสร้างหุ้มพระปฐมเจดีย์องค์เดิมทั้งหมดไว้ภายในพระเจดีย์องค์ปัจจุบัน การริเริ่มของพระองค์ทำให้สังเกตเห็นว่า มีวัฒนธรรมทางพุทธศาสนาซึ่งมีลักษณะดั้งเดิมอยู่ในบริเวณรอบ ๆ พระปฐมเจดีย์ ใช้ภาษาบาลีเป็นภาษาในศาสนา พระพุทธรูปมีลักษณะพิเศษโดยเฉพาะ พระธรรมจักร ภาพสลักนูนต่ำบนหิน หรือปั้นด้วยปูน หรือดินเผา และพระพิมพ์ ใน พ.ศ. 2495 การค้นพบและการตีพิมพ์ของศาสตราจารย์ เซเดส์ เกี่ยวกับเศษจารึก 2 ชิ้น ทำให้กล่าวได้ว่า มีการใช้ภาษามอญอยู่ที่เมืองนครปฐมในราวพุทธศตวรรษที่ 12 – 13 ต่อมาในระหว่าง พ.ศ. 2508 - 2509 ได้ค้นพบร่องรอยของเมืองโบราณตั้งอยู่ทางทิศตะวันออก มีวัดพระประโทนเป็นจุดศูนย์กลาง เมืองนี้มีขนาดใหญ่ยิ่งกว่าเมืองอื่นๆ ในสมัยเดียวกัน การกำหนดอายุของเจดีย์จุลประโทนจากการก่อสร้าง 3 ครั้ง ครั้งที่ 1 การก่อสร้างเจดีย์พร้อมกับมีลานทักษิณซึ่งมีบันไดขึ้นลงทั้งสี่ทิศ รวมทั้งลวดลายเครื่องประดับทำด้วยดินเผาในราวพุทธศตวรรษที่ 12 – 13 การก่อสร้างครั้งที่ 2 ซึ่งทำให้ลานทักษิณหายไป รวมทั้งมีลวดลายเครื่องประดับปูนปั้น ในราวพุทธศตวรรษที่ 14 – 15 การก่อสร้างครั้งที่ 3 อยู่ในราวต้นหรือกลางพุทธศตวรรษที่ 18 ซึ่งค้นพบวัตถุที่บรรจุเป็นศิลาฤกษ์ เกิดขึ้นจากการเปลี่ยนแปลงหันกลับไปยังลัทธิเถรวาทแบบดั้งเดิม.

พระพุทธรูปสำคัญในสมัยรัชกาลที่ 1 ได้แก่ วัดพระเชตุพนฯ มี พระศรีสรรเพชญ พระพุทธเทวปฏิมากร พระโลกนาถ พระพุทธปูปวัดเขาอินทร์ พระพุทธชินราช พระพุทธชินสีห์ วัดพระศรีรัตนศาสดารามมีพระคันธารราฐ วัดมหาธาตุฯ มีพระประธานในพระอุโบสถและวิหาร หอพระสุราลัยพิมาน มีพระพุทธจุลจักร และพระพุทธจักรวรรดิ สมัยรัชกาลที่ 2 ได้แก่ วัดอรุณฯ มีพระพุทธธรรมิสรราช วัดสุทัศน์ฯ มีพระศรีศากยมุนี สมัยรัชกาลที่ 3 ได้แก่ วัดพระศรีรัตนศาสดารามมีพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกและพระพุทธเลิศหล้านภาลัย พระพุทธนฤมิตร พระพุทธรังสฤษดิ์ พระพุทธรูปปางต่าง ๆ 34 ปาง วัดพระเชตุพนฯ มีพระไสยาสน์ วัดสุทัศน์ฯ มีพระพุทธตรีโลกเชษฐ์ วัดราชโอรสฯ มีพระพุทธอนันตคุณอดุลยบพิตร วัดกัลยาณมิตรมีพระพุทธไตรรัตนนายก วัดราชนัดดามีพระเศรษฐตมมุนี วัดเฉลิมพระเกียรติมีพระพุทธมหาโลกาภินันท์ สมัยรัชกาลที่ 4 ได้แก่ วัดปทุมวันมีพระเสริม วัดคฤหบดีมีพระแซกคำ วัดอัปสรสวรรค์มีพระฉันสมอ พระประธานในอุโบสถวัดเทพธิดาฯ วัดพระศรีรัตนศาสดารามมีพระสัมพุทธพรรณี ซึ่งประดิษฐานไว้แทนพระพุทธสิหิงค์ ซึ่งเชิญไปไว้ที่พระที่นั่งพุทไธสวรรย์ พระนิรันตราย 18 องค์ที่วัดพระสงฆ์คณะธรรมยุติกนิกาย วัดอรุณฯ มีพระพุทธนฤมิตและพระอรุณ วัดราชประดิษฐ์มีพระพทุธสิหิงคปฏิมากร พระปฐมเจดีย์มีพระสิหิงค์ วัดปทุมวนารามมีพระใส วัดหงส์รัตนารามมีพระแสน วัดเสนาสน์มีพระอินทร์ สมัยรัชกาลที่ 5 ได้แก่ พระพุทธรูปคันธารราฐ วัดบวรนิเวศมีพระพุทธวัชรญาณ พระพุทธปัญญาอัคคะ พระสมุทรนินนาท วัดเบญจมบพิตรมีพระพุทธอังคีรส พระพุทธชินราชจำลอง พระพุทธนรสีห์น้อย วัดราชาธิวาสมีพระสัมพุทธพรรณีจำลอง วัดนิเวศธรรมประวัติมีประพุทธนฤมลธรรโมภาส ใน พ.ศ. 2500 ได้มีความพยายามที่จะสร้างพระพุทธรูปแบบรัตนโกสินทร์ จึงมอบให้ ศาสตราจารย์ ศิลป์ พีระศรี เป็นผู้คิดแบบ เพื่อให้เป็นต้นแบบของพระพุทธรูปที่จะประดิษฐาน ณ พุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม สำหรับพระชัย หรือ พระชัยวัฒน์โปรดฯ ให้หล่อขึ้นทุกรัชกาล และยังมีพระแก้วประจำรัชกาลอีกด้วย ซึ่งส่วนใหญ่ประดิษฐานอยู่ในหอพระสุราลัยพิมาณในพระบรมมหาราชวัง.

พระพุทธรูปสำคัญในสมัยรัชกาลที่ 1 ได้แก่ วัดพระเชตุพนฯ มี พระศรีสรรเพชญ พระพุทธเทวปฏิมากร พระโลกนาถ พระพุทธปูปวัดเขาอินทร์ พระพุทธชินราช พระพุทธชินสีห์ วัดพระศรีรัตนศาสดารามมีพระคันธารราฐ วัดมหาธาตุฯ มีพระประธานในพระอุโบสถและวิหาร หอพระสุราลัยพิมาน มีพระพุทธจุลจักร และพระพุทธจักรวรรดิ สมัยรัชกาลที่ 2 ได้แก่ วัดอรุณฯ มีพระพุทธธรรมิสรราช วัดสุทัศน์ฯ มีพระศรีศากยมุนี สมัยรัชกาลที่ 3 ได้แก่ วัดพระศรีรัตนศาสดารามมีพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกและพระพุทธเลิศหล้านภาลัย พระพุทธนฤมิตร พระพุทธรังสฤษดิ์ พระพุทธรูปปางต่าง ๆ 34 ปาง วัดพระเชตุพนฯ มีพระไสยาสน์ วัดสุทัศน์ฯ มีพระพุทธตรีโลกเชษฐ์ วัดราชโอรสฯ มีพระพุทธอนันตคุณอดุลยบพิตร วัดกัลยาณมิตรมีพระพุทธไตรรัตนนายก วัดราชนัดดามีพระเศรษฐตมมุนี วัดเฉลิมพระเกียรติมีพระพุทธมหาโลกาภินันท์ สมัยรัชกาลที่ 4 ได้แก่ วัดปทุมวันมีพระเสริม วัดคฤหบดีมีพระแซกคำ วัดอัปสรสวรรค์มีพระฉันสมอ พระประธานในอุโบสถวัดเทพธิดาฯ วัดพระศรีรัตนศาสดารามมีพระสัมพุทธพรรณี ซึ่งประดิษฐานไว้แทนพระพุทธสิหิงค์ ซึ่งเชิญไปไว้ที่พระที่นั่งพุทไธสวรรย์ พระนิรันตราย 18 องค์ที่วัดพระสงฆ์คณะธรรมยุติกนิกาย วัดอรุณฯ มีพระพุทธนฤมิตและพระอรุณ วัดราชประดิษฐ์มีพระพทุธสิหิงคปฏิมากร พระปฐมเจดีย์มีพระสิหิงค์ วัดปทุมวนารามมีพระใส วัดหงส์รัตนารามมีพระแสน วัดเสนาสน์มีพระอินทร์ สมัยรัชกาลที่ 5 ได้แก่ พระพุทธรูปคันธารราฐ วัดบวรนิเวศมีพระพุทธวัชรญาณ พระพุทธปัญญาอัคคะ พระสมุทรนินนาท วัดเบญจมบพิตรมีพระพุทธอังคีรส พระพุทธชินราชจำลอง พระพุทธนรสีห์น้อย วัดราชาธิวาสมีพระสัมพุทธพรรณีจำลอง วัดนิเวศธรรมประวัติมีประพุทธนฤมลธรรโมภาส ใน พ.ศ. 2500 ได้มีความพยายามที่จะสร้างพระพุทธรูปแบบรัตนโกสินทร์ จึงมอบให้ ศาสตราจารย์ ศิลป์ พีระศรี เป็นผู้คิดแบบ เพื่อให้เป็นต้นแบบของพระพุทธรูปที่จะประดิษฐาน ณ พุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม สำหรับพระชัย หรือ พระชัยวัฒน์โปรดฯ ให้หล่อขึ้นทุกรัชกาล และยังมีพระแก้วประจำรัชกาลอีกด้วย ซึ่งส่วนใหญ่ประดิษฐานอยู่ในหอพระสุราลัยพิมาณในพระบรมมหาราชวัง.