หลวงบริบาลบุรีภัณฑ์ เคยเล่าว่า เจดีย์องค์ใหญ่ซึ่งเป็นเจดีย์ไม้สิบสอง ที่วัดสวนหลวงสบสวรรค์ จ.พระนครศรีอยุธยาในปัจจุบัน ความจริงแล้วไม่ใช่เจดีย์องค์เดิมที่บรรจุพระอัฐิสมเด็จพระศรีสุริโยทัย แต่เชื่อว่าเจดีย์ทรงกลมแฝด 2 องค์ ซึ่งคงสร้างสมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ น่าจะเป็นเจดีย์ที่บรรจุพระอัฐิสมเด็จพระศรีสุริโยทัยองค์หนึ่ง และพระราชบุตรีที่สิ้นพระชนม์อีกองค์หนึ่ง ซึ่งเจดีย์ทรงกลมทั้ง 2 องค์ ได้ถูกรื้อทิ้งไปแล้ว ในสมัยรัชกาลที่ 5 ก่อนที่จะมีการค้นพบพระราชพงศาวดารฉบับหลวงประเสริฐ แต่ ศาสตราจารย์ ดร. สันติ เล็กสุขุม ค้นคว้าพบว่า เจดีย์ไม้สิบสององค์นี้มีมาแล้วตั้งแต่สมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ อย่างไรก็ตาม กรมศิลปากรได้ทำการบูรณะและขุดค้นภายในพระเจดีย์ดังกล่าว ปรากฏว่าได้ค้นพบพระธาตุของพระอรหันต์ใส่ผอบไว้จำนวนมาก แต่ไม่พบพระอัฐิของสมเด็จพระสุริโยทัย